La tercera temporada de Lost es una temporada de transición hacia otro tipo de serie. En gran parte es un cambio motivado por el tipo de serie que es: gran planteamiento inicial, un montón de misterios que nunca se resuelven o si lo hacen es por sembrar otro misterio más grande, uso de técnicas narrativas poco vistas en televisión... Las dos primeras temporadas es lo que da de sí esa serie, a partir de esta tercera temporada hay que elegir otro camino para continuar la historia.

Es en esta temporada donde comienzan los viajes en el tiempo y se establece su regla fundamental: como en la saga Destino Final, no se puede escapar del destino. Por otra parte, es un concepto muy yanqui esto del destino manifiesto. Paulatinamente, una serie de misterio con toques de ciencia ficción se acabará convirtiendo en lo contrario: una serie de ciencia ficcióncon toques de misterio.

Se amplía todavía más el universo de la isla. No sólo eso, sino que se añade otra isla más. Conocemos más de "los otros", de la Iniciativa Dharma, aparecen personajes como Alpert (o Eyeliner) y Withmore... También conocemos mucho mejor al líder de "los otros", Benjamin Linus. Con este personaje sucede una cosa curiosa. Siempre se lo ha considerado como un líder maquiavélico, entendiendo por eso a una persona astuta que siempre consigue sus objetivos, aunque no de manera lícita. Sin embargo, desde que se introduce su personaje, Linus ha estado en una constante huída hacia delante motivada por sus pésimas decisiones. You know nothing, Linus.

En esa transición hacia la serie que será, aparece el primer flashforward de la serie. Agotado el recurso del flashback, que en algunos momentos llega a ser un estorbo, ya que deja de complementar la narración como hacía antes para convertirse en un añadido a ésta que no sirve para explicarla y sólo se usa de relleno, se usará este nuevo recurso narrativo, el flashforward. Junto con el not Penny's boat de Charlie es uno de los finales de temporada más recordados de la serie. También para muchos, fue el momento de bajarse de la serie al ver los derroteros que ésta tomaba.