La tercera temporada de Dexter es la temporada de los equívocos: se inicia con un equívoco que dura toda la tempora, hasta que Dexter lo resuelve al final. Claro, ya sabemos cómo resuelve las cosas Dexter. En cierta forma, toda la temporada es la dilación de ese momento que sabemos que tiene que llegar. ¿Y cuál es el equívoco? El asesinato de Raúl Prado, hermano pequeño Óscar Prado, fiscal y figura pública contra el crimen.

Dexter intenta acabar con un pequeño camello y asesino, y al final acaba asesinando a una persona que no conoce de nada pero que también se encontraba en la casa en ese momento. A raíz de este "desliz", Dexter conocerá el nombre de la persona que ha matado y a su familia. Pero la cosa no se queda ahí, Dexter iniciará una profunda amistad con Óscar, hermano de su víctima, que le llevará a enseñarle su verdadera cara y a formar una pareja dedicada al crimen. Pero claro, Óscar no se rige por el mismo código que Dexter. Ni siquera se rige por un código. Su ansia de justicia, o de lo que él entiende por justicia, le lleva a eliminar a cualquiera que se interoponga en su camino, aunque sea inocente.

La temporada gira alrededor de varias reflexiones que se originan tras el "error" de Dexter: la posibilidad de una amistad (y lo que significa) y los secretos. Dexter nunca había tenido un amigo con quien compartir su lado oculto. No sabe qué significa y hasta dónde llega la amistad. Al final acabará descubriendo que para él lo mejor es estar solo. En cuanto a los secretos, la conclusión es que todos tenemos los nuestros, es una carga individual e intransferible que es mejor no compartir con nadie. Buena tercera temporada y anticipo de lo que vendría despues: Trinity.