Si la primera temporada era en gran medida una presentación del personaje, las sucesivas temporadas giraban en torno a un leitmotiv. En el caso de esta segunda temporada todo está centrado en la búsqueda de la identidad y el descubrimiento del pasado de Dexter. Para ello, utiliza el paralelismo de las drogas y su adicción, que da bastante juego. Dexter es un adicto y necesita dejarlo.

Lila, el personaje que conoce en el grupo de Narcóticos Anónimos, es un elemento disruptivo en la vida de Dexter, que llega a afectar a su relación con Rita. Y no sólo eso, sino que también se plantea su sistema de valores hasta entonces. Como sucedería en otras temporadas, Dexter pasa de cuestionarlo todo a acabar volviendo al redil de lo conocido.

El caso principal de la temporada es la investigación sobre el Carnicero de la bahía, que no es otro que el propio Dexter. Sus cadáveres son descubiertos por unos submarinistas, lo que provocará que el FBI se interese en su caso y la policía de Miami vuelque sus recursos en atraparle. Frank Lundy, agente del FBI, dirigirá el caso, teniendo como principal apoyo y soporte a Debra, la hermana de Dexter.

Dexter también tendrá otro frente abierto, que es el sargento Doakes. Doakes le somete a vigilancia y acaba descubriendo su secreto. Todo acaba en una pelea con Doakes encerrado en una jaula. Cuando Dexter está dispuesto a soltarlo y entregarse, Lila acaba asesinando a Doakes, solucionando de paso el problema de Dexter.

En definitiva, una temporada entretenida, con un caso principal interesante y bien hilado, y que mantiene el nivel de la primera.