La primera temporada de Fringe fue de menos a más, de un inicio dubitativo a un final a lo grande. La segunda temporada parte del cliffhanger de la temporada pasada y confirma las buenas sensaciones que este había dejado. Es la temporada donde Fringe amplía su universo sin complejos y establece algunos hitos importantes dentro de su mitología, como los metamorfos, la relación paternofilial entre Peter y Walter y la presentación de los personajes del otro universo.

Ya desde el primer capítulo, Fringe apuesta por expandir su universo y sentar las bases de su mitología. Olivia regresa del otro universo a través de un accidente de coche y un metamorfo intentará interrogarla en el hospital y después matarla. El juego que dan los metamorfos, que asesinan a la persona de la cual luego toman su forma, da muchísimo juego en la serie. Como en La invasión de los ladrones de cuerpos, la idea de un enemigo interior indistinguible externamente es todo n acierto.

La relación paternofilial entre Walter y Peter también es de suma importancia en esta temporada. Ya sabíamos desde la temporada anterior que Peter en realidad era el Peter del otro universo, secuestrado por Walter para salvarle la vida, incapaz de perder dos veces a su hijo, una en este universo y otra en el universo alterno. También veremos las consecuencias de esta decisión en el otro universo, devastado por la apertura de un portal entre universos, Y la venganza de Walternativo, que en su universo se convierte en Secretario de Estado y busca venganza por la devastación de su mundo y su hijo robado. Peter, cuando se entere de la verdad de su origen, volverá al otro lado con Walternativo. Lo que no sabe es que este tiene sus propios planes. Hay una máquina para destruir universos y el único que puede activarla es Peter.

La segunda temporada recoge lo mejor de la serie y termina con otro cliffhanger marca de la casa: la sustitución de la Olivia de este universo por la Olivia del otro.